Fils de l’historien Armand Mauffras du Châtelier, Paul fut peintre de marine, archéologue et préhistorien et s’imposa comme une figure majeure de la recherche finistérienne au 19e siècle. Propriétaire du château de Kernuz à Pont-l’Abbé, il transforme sa demeure en un véritable centre d’études et musée privé, rassemblant des milliers de pièces issues de ses propres fouilles.
Pendant plus de trente ans, il explore méthodiquement le sol du Finistère, en particulier la Cornouaille. Son travail rigoureux comble un grand vide documentaire sur la Préhistoire, la protohistoire et l’époque gallo-romaine de la région. On lui doit la fouille et le sauvetage de dizaines de monuments mégalithiques (dolmens, menhirs) et de tumulus de l’âge du bronze, comme celui de Kernonen à Plouvorn.
Chercheur prolifique, il publie en 1889 son œuvre maîtresse, Les Époques préhistoriques et gauloises dans le Finistère, un inventaire raisonné qui fait encore référence pour la topographie archéologique du département. Membre actif de la Société archéologique du Finistère et de la Société préhistorique française, il collabore avec les grands esprits de son temps, à l’instar d’Émile Cartailhac.
Son approche, remarquable pour l’époque par son souci de cartographie et de sauvegarde, a permis de documenter des sites aujourd’hui disparus. Après sa mort, son immense et précieuse collection archéologique est acquise par le musée d’Archéologie nationale de Saint-Germain-en-Laye, garantissant ainsi la pérennité de son legs scientifique.